劇情暗線：施特勞斯在神智混亂中透露的一些信息給了艾薩克新的目標(biāo)：神印是可以摧毀的，只要他和施特勞斯聯(lián)手，他們就能摧毀新的神印。在這個(gè)目標(biāo)的鼓舞之下，艾薩克開(kāi)始與自己的潛意識(shí)抗?fàn)?。盡管尼珂的幻象一再用各種方式騷擾艾薩克，但艾薩克仍然能對(duì)著幻象吼出：“你騙不了我！你根本不是尼珂！”反觀施特勞斯，盡管一開(kāi)始的時(shí)候他的頭腦比艾薩克的還要清醒，也記得更多的事情。但是由于沉浸在自己誤殺妻兒的悲痛之中無(wú)法自拔(這件事借由戴安娜之口說(shuō)出)，施特勞斯的神智迅速地崩潰，滿口胡言亂語(yǔ)，時(shí)常把出現(xiàn)的幻象當(dāng)成真正的妻兒，并不斷追逐著幻象。

　　艾薩克在逃生途中偶遇的艾麗則是一名CEC公司的重型工程設(shè)備駕駛員，事件爆發(fā)的時(shí)候她所在的班組恰好開(kāi)始輪班。在無(wú)數(shù)尸變體的追擊之下，班組的成員一個(gè)個(gè)橫死當(dāng)場(chǎng)，他們不得不面對(duì)由自己的朋友變異成的尸變體。當(dāng)她與艾薩克相遇的時(shí)候，她所在的班組剛剛?cè)姼矝](méi)——艾薩克問(wèn)道是否可以一同前往政府區(qū)的時(shí)候，她的回答是“你以為我們?cè)谧鍪裁?？?rdquo;，這里的“我們”顯然暗示著她的朋友和同事們就在剛才還是活生生的人。這個(gè)女孩很單純很善良，盡管她口頭上說(shuō)著“其他人對(duì)我而言就是累贅”，可她卻沒(méi)有拋棄神智近乎崩潰的施特勞斯，而是憑借一把等離子切割器掩護(hù)著施特勞斯且戰(zhàn)且退。在艾薩克多次挺身而出為他們的逃生掃清障礙之后，艾麗顯然把艾薩克當(dāng)作了值得信賴的伙伴，在得知艾薩克也是CEC的系統(tǒng)工程師后，她親切地稱艾薩克為“阿宅”(Nerd，書呆子)；而當(dāng)艾薩克孤注一擲地只身登上石村號(hào)，打算用重力場(chǎng)把他們送往政府區(qū)時(shí)，艾麗對(duì)艾薩克的關(guān)心也盡顯在只言片語(yǔ)當(dāng)中。

　　重返石村號(hào)對(duì)艾薩克而言是一個(gè)巨大的挑戰(zhàn)。一方面，艾薩克的摯愛(ài)尼珂就葬身在那艘巨大的飛船上；另一方面，《死亡空間1》中石村號(hào)上的慘烈景象也在艾薩克的腦中揮之不去。雖然石村號(hào)的部分艙段已經(jīng)被清理，被封上了塑料膜，接上了凈化設(shè)備，但艾薩克潛意識(shí)的想法仍然借由尼珂的幻象說(shuō)出：“塑料膜、管道、膠帶，那些已經(jīng)發(fā)生的事情可以用這些東西簡(jiǎn)簡(jiǎn)單單地埋葬掉嗎？”、“我(尼珂)的最終結(jié)局是什么樣子？死在這艘巨艦中的某個(gè)無(wú)名角落，孤獨(dú)地腐爛發(fā)臭？還是變成那些尸變體的一員，帶著一張血肉模糊的面孔，拖動(dòng)著殘破的軀體搜尋新的受害者，甚至是毫無(wú)聲息地被你(艾薩克)的武器肢解？”。

　　當(dāng)艾薩克進(jìn)入了尼珂生前工作的醫(yī)療艙段后，他心中的內(nèi)疚與悲痛到達(dá)了頂點(diǎn)，而環(huán)境也變得極度壓抑(醫(yī)療艙段中發(fā)出熒光的痕跡都是經(jīng)過(guò)處理的血跡)。一片血跡斑斑當(dāng)中，艾薩克再一次聽(tīng)到了尼珂的最后遺言：“艾薩克，我真的好想再見(jiàn)你一面……”

　　這個(gè)時(shí)候的艾薩克已經(jīng)漸漸地戰(zhàn)勝了自己的潛意識(shí)，在政府區(qū)附近的礦道中，險(xiǎn)些要被潛意識(shí)驅(qū)使著扼死自己的時(shí)候，艾薩克大聲吼道：“我忘不掉尼珂不是因?yàn)槲乙獙?duì)她的死負(fù)責(zé)，而是因?yàn)樗俏覂H剩的一切，如果連她都忘掉了，我就一無(wú)所有了！”他的潛意識(shí)似乎接受了這個(gè)答案，從血腥的女鬼形象恢復(fù)成了尼珂的本來(lái)面貌。這也是艾薩克最后一次與潛意識(shí)戰(zhàn)斗。

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