這次起義也引起了這項計劃的支持者“神意秘會”的重視,他們要求47和他兄弟們的“父親”奧托邁耶博士對剩下的克隆人進行情感消除。博士不得已只能照做。

被徹底消除情感的47再次進化,成為了更加無情且高效的殺人機器。但是其他的克隆人卻沒有這么好運,他們因為情感消除,身體機能漸漸退化。
1996年,47對研究所的厭惡達到了頂峰。他開始?xì)⑺滥切┮呀?jīng)變得如同行尸走肉一般兄弟們——他認(rèn)為這是對他們最好的救贖。1998年,隨著最后一個實驗體81號死于47的手下,克隆人計劃徹底破產(chǎn),神意秘會撤銷了與奧托邁耶博士的合作。為了自保和復(fù)仇,博士再次對47進行洗腦,并將他釋放投入社會。
不只是殺戮
1999年,ICA(International Contract Agency,國際契約中介處)發(fā)現(xiàn)了身為自由殺手的47,戴安娜·伯恩伍德招募47加入了ICA,并成為47唯一的聯(lián)絡(luò)人。47也開始了自己的傳奇殺手生涯。

加入ICA之后,47的任務(wù)是在不知情的情況下,接受“父親”奧托邁耶博士的契約,去殺死為自己提供DNA的另外四人。奧托邁耶在利用自己的造物,去鏟除那些已經(jīng)不再存在友情的故人。47完美地完成了這些任務(wù),但是ICA也發(fā)現(xiàn)了這些來自同一雇主的契約存在異常。最后,47順藤摸瓜,直面自己的“父親”和再次被創(chuàng)造出來的“48號計劃”的克隆人。